Sob o selo da editora Dark Horse, Tomb Raider começou com uma edição especial, em capa dura e não numerada, e distribuída exclusivamente para quem fez a pré-compra do jogo. Essencialmente, também é a primeira vez que as duas mídias são interligadas dessa forma: The Beginning é um prólogo para o jogo.
Lara chega a ser uma mera coadjuvante nessa história. O grande foco está em James Whitman, apresentador do programa Whitman's World. Apesar da audiência regular na última temporada, a rede havia aprovado a terceira temporada documentando a busca pelo reino perdido de Yamatai.
Roth que escolheu os integrantes da tripulação, e Whitman e sua equipe começam a entrevistá-los. Alguns fatos aleatórios são levantados nestas entrevistas iniciais. Grim e Roth navegam juntos há mais de 20 anos, por exemplo, e Reyes abandonou sua carreira como policial para poder vingar a morte de um parceiro e tornou-se mecânica quando começou a trabalhar com seu irmão.
Ao longo das entrevistas, Whitman recebe um telefonema dizendo que a emissora voltou atrás e cancelou a terceira temporada. Ele despacha sua equipe como se nada tivesse acontecido, mas Lara ouve outro telefonema, onde ele afirma que Yamatai pode ser uma mina de ouro e essa expedição vai acontecer, mesmo que ele tenha que arcar com as despesas.
A ex-esposa de Whitman está tomando o que pode da casa dele, ao saber que seu programa foi cancelado. Desesperado por dinheiro, ele pede para seu agente algumas peças que o museu de Londres havia emprestado à emissora. Ele tenta vendê-los, mas é emboscado por capangas do comprador e, para sua sorte, sobrevive pois Jonah Maiava chega para seu resgate.
Jonah explica que Roth sentiu que havia algo de errado e pediu-lhe que seguisse Whitman. De volta à Endurance, Alex surge pedindo um lugar para se esconder. Ele havia sido detectado invadindo bancos de dados do governo e sabia que Roth ia partir numa expedição em breve. Ao saber que a expedição estava em risco por falta de fundos, ele oferece uma alternativa: trapacear em jogos de azar online.
Seu plano, infelizmente, também não rende frutos. Apesar de toda a fortuna da família Croft, Lara decide falar com Samantha Nishimura – amiga e colega de faculdade – ao invés: o tio dela já havia financiado aventuras anteriores de Roth. Ele concorda, desde que receba 60% dos espólios, e Sam decide acompanhar Lara.
A nova equipe de Whitman se forma ali: Samantha como a cinegrafista entusiasta e Lara como auxiliar de pesquisa. Sam começa as filmagens e encontra uma Lara incerta, que se julga irrelevante para o documentário. Sam afirma que Lara será importante um dia, apesar de ainda incrédula que as duas estão partindo em busca de Yamatai. Lara simplesmente comenta que a expedição mudará a vida deles para sempre...
Curiosidade: um dos colecionáveis do jogo é uma carta que Reyes escreve para sua filha Alisha, pedindo para que ela procure por um tal de Conrad Roth, pois ele é o pai que ela nunca conheceu. Nesta HQ, Alisha e Roth se conhecem, mas Alisha usa o termo "tio," sem saber que ele é seu pai.